1964年：伝説の始まり【メタルギアソリッド3 スネークイーター】

舞台は冷戦下のソ連。全ての物語はここから始まった。

大きな事件・イベント：バーチャスミッションとスネークイーター作戦

CIAの特殊部隊「FOX」に所属する工作員、コードネーム「ネイキッド・スネーク」は、ソ連の兵器開発者ソコロフの亡命を支援する「バーチャスミッション」に赴く。しかし、スネークの恩師であり、伝説の兵士と謳われた「ザ・ボス」の裏切りにより作戦は失敗。ザ・ボスはソ連のヴォルギン大佐側に亡命し、アメリカ製の小型核弾頭が発射され、米ソ間の緊張は一触即発の状態に陥る。自らの潔白を証明するため、アメリカ政府はスネークに「スネークイーター作戦」を指令。その内容は、ヴォルギン大佐の打倒、彼が開発を進める核搭載戦車「シャゴホッド」の破壊、そして亡命したザ・ボスの抹殺だった。

主要登場人物

• ネイキッド・スネーク（後のビッグボス）： 本作の主人公。この作戦の成功により、アメリカ政府から「ビッグボス」の称号を授与される。
• ザ・ボス： 伝説の女性兵士であり、スネークの師。彼女の亡命の裏には、国家の思惑が絡んだ悲しい真実が隠されていた。
• オセロット（後のリボルバー・オセロット）： ソ連のGRUに所属する若き少佐。スネークをライバルとみなし、シリーズ全体を通して重要な役割を果たす。
• EVA： KGBのスパイを装う中国の二重スパイ。「賢者の遺産」を狙う。
• ゼロ少佐（後のサイファー）： 特殊部隊「FOX」の司令官。後に「愛国者達」を創設する。

1974年：国境なき軍隊の誕生【メタルギアソリッド ピースウォーカー】

ビッグボスは、ザ・ボスの遺志を追い求め、自らの軍隊を創設する。

大きな事件・イベント：ピースウォーカー事件

「スネークイーター作戦」から10年後。ビッグボスは同志「カズヒラ・ミラー」と共に「国境なき軍隊（MSF）」を設立。コスタリカで、AIによって制御され自律的に核報復を行う無人兵器「ピースウォーカー」の脅威に立ち向かう。この事件の裏では、ビッグボスのかつての上官であるゼロ（サイファー）が暗躍していた。

主要登場人物

• ビッグボス（スネーク）： MSFの総司令官。アウターヘブン構想の原型を築き始める。
• カズヒラ・ミラー： MSFの副司令官。組織の運営を担う現実主義者。
• パス・オルテガ・アンドラーデ： 平和を愛する学生。その正体は、ゼロ（サイファー）の密命を受けたスパイだった。
• ヒューイ・エメリッヒ： ピースウォーカーの開発に携わった科学者。後のオタコンの父親。
• ストレンジラブ博士： ザ・ボスの思考をAI化するために研究を続ける科学者。

1975年 – 1984年：英雄の堕天とファントムの誕生【メタルギアソリッドV】

大きな事件・イベント：マザーベース壊滅とヴェノム・スネークの覚醒

【グラウンド・ゼロズ (1975年)】 ビッグボスは、MSFに潜入していたスパイ「パス」らを救出に向かうが、それは罠だった。謎の部隊「XOF」の襲撃によりMSFのマザーベースは壊滅し、ビッグボスも重傷を負い昏睡状態に陥る。

【ファントムペイン (1984年)】 9年後、目覚めたビッグボスは「ヴェノム・スネーク」として復活。相棒ミラーと共に新たな私設軍隊「ダイアモンド・ドッグズ」を設立し、XOFの指揮官「スカルフェイス」への復讐を誓う。しかし、物語の果てに、彼が本物のビッグボスではなく、影武者として作られた「ファントム（幻影）」であったという衝撃の真実が明かされる。

主要登場人物

• ヴェノム・スネーク： 本作の主人公。ビッグボスの影武者（ファントム）。
• ビッグボス（本物）： ヴェノムを影武者に立て、世界を欺きながら真のアウターヘブンを創設するために暗躍する。
• カズヒラ・ミラー： 復讐に燃えるダイアモンド・ドッグズの副官。
• リボルバー・オセロット： ビッグボスに忠誠を誓い、彼の計画をサポートする。
• クワイエット： 言葉を発しない恐るべき能力を持つ女性スナイパー。
• スカルフェイス： XOFの指揮官。ゼロ少佐への復讐を目論む。
• イーライ（後のリキッド・スネーク）： ビッグボスのクローンの一人。父親への強い憎悪を抱いている。

1995年：アウターヘブン蜂起【メタルギア】

伝説の英雄ソリッド・スネーク、最初の任務。

大きな事件・イベント：アウターヘブン蜂起

南アフリカに現れた武装要塞国家「アウターヘブン」。彼らが開発した核搭載二足歩行戦車「メタルギア」の脅威に対し、特殊部隊「FOXHOUND」の新人隊員ソリッド・スネークが単身潜入する。しかし、このアウターヘブンを率いていたのは、作戦の指揮官であるFOXHOUND総司令官、ビッグボスその人であった。スネークは自らの手で、父とも言うべき存在を倒し、アウターヘブンを陥落させる。

主要登場人物

• ソリッド・スネーク： 本作の主人公。ビッグボスのクローンの一人とは知らずに、彼と対決する運命を辿る。
• ビッグボス： FOXHOUND総司令官であり、アウターヘブンの首領。兵士だけの楽園を築こうとするが、自らが送り込んだスネークによって野望を砕かれる。

1999年：ザンジバーランド騒乱【メタルギア２ ソリッドスネーク】

再び立ち上がるビッグボス。スネークとの因縁の対決。

大きな事件・イベント：ザンジバーランド騒乱

生きていたビッグボスは、中央アジアに武装要塞国家「ザンジバーランド」を建国。再び世界を核の恐怖に陥れる。FOXHOUNDを引退していたソリッド・スネークは召集され、再びビッグボスと対峙する。スネークはビッグボスを倒し、彼の野望に終止符を打ったかに見えた。

主要登場人物

• ソリッド・スネーク： 伝説の英雄として再び戦場に戻る。この戦いで、ビッグボスとの因縁に一つの決着をつける。
• ビッグボス： ザンジバーランドの首領。OILIXと核で世界を支配しようとするが、再びソリッド・スネークに敗れる。
• グレイ・フォックス： かつてのスネークの戦友。ザンジバーランド側につき、サイボーグとなってスネークの前に立ちはだかる。

2005年：シャドー・モセス島事件【メタルギアソリッド】

遺伝子（GENE）を巡る戦い。3Dステルスアクションの金字塔。

大きな事件・イベント：シャドー・モセス島事件

アラスカのシャドー・モセス島が、ソリッド・スネークと瓜二つの男「リキッド・スネーク」率いる叛乱部隊に占拠される。彼らは新型メタルギア「REX」を盾に、アメリカ政府にビッグボスの遺体を要求。隠遁生活を送っていたソリッド・スネークは、再び単身潜入任務に就く。この事件を通して、スネークは自らがビッグボスのクローンであるという衝撃の事実、「恐るべき子供達計画」の真相を知ることになる。

主要登場人物

• ソリッド・スネーク： 老化を早めるように遺伝子操作されたビッグボスのクローン。
• リキッド・スネーク： スネークの双子の兄弟。自らを「劣性」の遺伝子を受け継いだと思い込み、スネークに強烈な憎悪を抱く。
• ハル・エメリッヒ（オタコン）： メタルギアREXの開発者。スネークの生涯の友となる。
• メリル・シルバーバーグ： キャンベルの姪（実際は娘）。島に配属された新兵で、スネークと共に戦う。
• サイボーグ忍者（グレイ・フォックス）： 肉体を失いサイボーグとして復活したグレイ・フォックス。
• リボルバー・オセロット： リキッド側に付きながらも、裏ではある目的のために暗躍する。

2007-2009年：情報社会の欺瞞【メタルギアソリッド2 サンズ・オブ・リバティ】

主役交代、そして「愛国者達」の存在が明らかになる衝撃作。

大きな事件・イベント：タンカー沈没事件とビッグ・シェル占拠事件

【タンカー編 (2007年)】 ソリッド・スネークは新型メタルギア「RAY」を追うが、オセロットに強奪され、タンカーは沈没。スネークは死亡したと公表される。

【プラント編 (2009年)】 海上プラント「ビッグ・シェル」がテロリストに占拠される。新生FOXHOUNDの隊員「雷電」が潜入するが、この事件全体が、世界を情報で支配する謎の組織「愛国者達」によって仕組まれた壮大な演習（S3計画）であったことが判明する。

主要登場人物

• 雷電（ジャック）： 本作の主人公（プラント編）。愛国者達に操られながらも、自らの意志で戦う道を選ぶ。
• ソリッド・スネーク： 生き延びており、偽名を使ってビッグ・シェルに潜入。雷電を導く。
• ソリダス・スネーク（ジョージ・シアーズ）： ビッグボスの完全なクローンであり、元アメリカ大統領。「愛国者達」からの解放を目指す。
• リボルバー・オセロット（リキッド・オセロット）： リキッド・スネークの人格に乗っ取られたかのように振る舞い、愛国者達を欺きながら暗躍を続ける。
• オルガ・ゴルルコビッチ： タンカーを襲撃した私兵部隊のリーダー。後に雷電を助けるサイボーグ忍者として現れる。
• 愛国者達： ゼロ少佐が創設した組織の成れの果て。デジタル情報によって世界を統制しようとする実体のないAI群。

2014年：英雄の最後の戦い【メタルギアソリッド4 ガンズ・オブ・ザ・パトリオット】

戦争が経済となった世界で、老いた英雄は最後の戦場へ向かう。

大きな事件・イベント：ガンズ・オブ・ザ・パトリオット事件

世界はナノマシンによって兵士や兵器が管理される「戦争経済」によって成り立っていた。このシステム「SOP」を支配しているのは「愛国者達」のAIネットワーク。リキッド・オセロットは、このSOPの掌握と、愛国者達の完全な破壊を目論み蜂起する。一方、急激な老化によりオールド・スネークとなったソリッド・スネークは、リキッドを止めるため最後の任務に就く。戦いの末、愛国者達のAIは破壊され、世界は管理から解放される。そして、死んだと思われていたビッグボスがスネークの前に現れ、全ての真相を語り、ゼロの生命維持装置を止めることで、賢者達の時代から続いた因縁に終止符を打った。

主要登場人物

• オールド・スネーク： 急激な老化に苦しみながらも、最後の使命を果たすために戦う。
• リキッド・オセロット： 愛国者達を欺くためにリキッドの人格を演じ続けたオセロット。彼の真の目的は、ビッグボスをAIの支配から解放することだった。
• 雷電： 愛国者達に囚われ、サイボーグ化された姿で再登場。スネークを助けるために奮闘する。
• ビッグ・ボス： 愛国者達によって仮死状態にされていたが、システムの崩壊と共に復活。スネークと和解し、全ての物語を締めくくる。
• ドレビン： 兵器を洗浄（IDロックを解除）する「武器洗浄人」。スネークに協力する。
• サニー： オルガの娘。オタコンに保護され、天才的なプログラマーとして成長。愛国者達のAIを破壊するウイルスを作成する。

2018年：受け継がれる意志【メタルギア ライジング リベンジェンス】

本編のその後を描く、ハイスピードアクション。

大きな事件・イベント

「ガンズ・オブ・ザ・パトリオット事件」から4年後。サイボーグ技術が飛躍的に発展した世界で、雷電は民間警備会社に所属し、要人警護の任務に就いていた。しかし、謎のサイボーグ集団の襲撃を受け、任務は失敗。自らも強化手術を受け、悪を断つ「活人剣」を振るう存在として、サイボーグ犯罪やテロの背後にある巨大な陰謀に立ち向かっていく。この物語は、ソリッド・スネークの戦いが終わった後の世界で、次世代がどのように生きていくかを描いている。

主要登場人物

• 雷電： 本作の主人公。より強力な戦闘用サイボーグとして、自らの信じる正義のために戦う。
• サムエル・ホドリゲス： 雷電のライバルとなる凄腕の剣士。
• アームストロング上院議員： 事件の黒幕。歪んだ愛国心を持ち、力による理想郷の実現を目論む。